腳氣和灰指甲的治療是一致的，因為二者都是真菌感染引起的皮膚病，但是腳氣的療程較短，通常在一個月左右，灰指甲的治療時間比較長，手指甲通常在兩到三個月，腳指甲通常在三到四個月。
腳氣的治療以外用抗真菌藥物為主，比如米糠唑乳膏、益康唑乳膏、特比萘芬乳膏或者萘替芬酮康唑乳膏等等，都可以治療腳氣。如果效果不好的，反復(fù)發(fā)作的，可以配合口服的抗真菌藥物。灰指甲的治療以口服藥物治療為主，配合外用的藥物，口服藥物通常使用的是伊曲康唑和特比萘芬這兩種藥物。
如果有條件可以進行真菌的培養(yǎng)和鑒定，根據(jù)培養(yǎng)和鑒定的結(jié)果來選用抗菌的藥物，如果是沒有條件進行培養(yǎng)和鑒定，可以進行經(jīng)驗性治療。需要說明的是，伊曲康唑需要使用脂溶性的沖劑來沖服，才能達到較好效果，如果是用水沖服，它的吸收比較有限，所以會影響治療效果。所以伊曲康唑可以使用純牛奶或者可樂等促進油脂析出的飲料或是沖劑進行沖服，也可以在吃了油膩的性的食物之后再吃這個藥物。
需要說明的是，灰指甲的治療需要堅持治療，不要斷斷續(xù)續(xù)，進行治療最好徹底一點，鞋子和襪子最好是經(jīng)常能夠晾曬，保持局部的清潔和干燥，這樣才能有效地減少腳氣和灰指甲的復(fù)發(fā)。
