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肝結(jié)石的發(fā)病原因與膽道的細(xì)菌感染、寄生蟲感染以及膽汁淤積有關(guān)，感染是導(dǎo)致結(jié)石形成的首要原因，感染的原因常見是膽道寄生蟲感染，以及復(fù)發(fā)性的膽管炎，差不多所有的肝內(nèi)膽管結(jié)石的患者，膽汁培養(yǎng)菌均可以查出細(xì)菌，感染細(xì)菌主要來源于腸道，常見的細(xì)菌是大腸桿菌以及厭氧菌。

大腸桿菌以及厭氧菌感染時產(chǎn)生的β葡萄糖酸醛酶，在膽道感染時產(chǎn)生，將生成葡萄糖酸醛肝酶能結(jié)合膽紅素水解生成的游離膽紅素而沉著，膽汁淤積是肝內(nèi)膽管結(jié)石形成的必要條件，只有膽汁淤積的條件下，膽汁中的成分才能淤積并形成結(jié)石，引起膽汁淤積的原因有膽道炎性的狹窄，膽道畸形或者是梗阻遠(yuǎn)肝膽管壓力升高，膽管擴張，膽流緩慢，從而有利于結(jié)石的形成。

此外，膽汁中的黏蛋白、酸性黏多糖，免疫球蛋白等大分子物質(zhì)，及炎性滲出物、脫落上皮細(xì)胞、細(xì)菌、寄生蟲以及膽汁中的金屬離子等均參與結(jié)石的形成。