系統(tǒng)綜合癥的鑒別診斷有以下方面：
一慢性疲勞綜合征，包括慢性活動(dòng)性eb病毒感染和特發(fā)性慢性疲勞綜合征，患者可有低熱，頸葉淋巴結(jié)腫大，有的可以檢測(cè)到抗eb病毒包涵體igm。
二風(fēng)濕性多肌痛表現(xiàn)為廣泛的肩胛帶，頸背部以及骨盆帶肌肉的疼痛乏力等，但該病多見(jiàn)于五十歲以上的老年人，血沉多較快而且對(duì)激素治療有明顯效果。
三精神風(fēng)濕癥，出現(xiàn)帶有感情色彩癥狀疼痛定位模糊變化多端，而且不受天氣和活動(dòng)影響，通常有其他感情紊亂。
四類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎，該病關(guān)節(jié)腫脹是客觀存在的，晨僵時(shí)間長(zhǎng)，疼痛以關(guān)節(jié)多見(jiàn)，血液檢查可以發(fā)現(xiàn)血沉，類風(fēng)濕因子，另外還可以見(jiàn)到手部x線的檢查異常。
五基筋膜痛綜合征又稱局限性纖維炎，它與外傷和過(guò)度勞累有關(guān)，雖然也有深部壓痛點(diǎn)，但是較為局限，它可以引發(fā)放射痛，疲勞等。晨僵較為少見(jiàn)，該病預(yù)后較好。
